Это лотерея, я бы перетряхнул баночку, если жалко расставаться с илом, то можно слить всю воду, хорошенько поворошить грунт, и аккуратно его руками вычерпать. Останется жижа, дать ей немного отстояться, слить лишнюю воду и сверху засыпать новый грунт. Делаю так переодически, последующий запуск проходит за сутки. Не думаю что мой вариант идеален, но я так делаю переодически.

Если на крупный грунт насыпать мелкого, то через какое-то время крупный все равно окажется на верху. Вроде как и нет причин для такой миграции, но я на своем опыте убеждался, что это происходит.

Со временем мелкий грунт все равно окажется на дне, а сверху крупный. Тоже самое и с различными террасами и горками. Если их ничем не укреплять, то со временем все сравняется.

Я регулярно делал нечто подобное.У меня изначально было 3-4 см. землицы русской, а сверху столько же гравия 3-5 мм.Постоянно приходится что-то выкорчёвывать или добавлять, а вытянешь эхинодорус , у которого мочалка корней сантиметров на 20 и, понятно, на дне "кратер", земля на весь аквариум и прочие радости. Яму заровняешь, что-либо посадишь, муть, как осядет, отсифонишь частично, а после этого засыпаешь грунт новым слоем.Главное здесь не переборщить, и не засыпать точку роста, так постепенно можно поднимать уровень грунта.
В моём случае так и обязательно, ибо у меня земля слежалась и уровень грунта стоит до 8-10 см. довести.

Если насыпите немного и только по краям - не будет. Но, Вам же написали, со временем, крупный грунт снова будет на поверхности.