Если больше лежали на дне - значит, не смогли после рождения заглотнуть воздушный пузырёк в будущий плавательный пузырь. Бывает такое по разным причинам, но чаще всего - недоношенность мальков (самка из-за стресса или неблагоприятных условий родила раньше времени), или из-за слишком высокого столба воды (если самка рожала не под поверхностью, а на глубине) - слабенькие мальки не смогли всплыть к поверхности за пузырьком.

Может подмену воды делали? в двух литровой банке это нормально, я для моллинезии воду совсем немного в последний раз менял и этого хватило чтоб она через несколько дней отметала мертвых мальков

В маленьких банках часто случается резкий перепад температур. Например, форточку открыли - этого бывает достаточно для перепада в градусов 5 втечении короткого времени. Из-за этого случается стресс.
Теперь о глубине... Мальки легко преодолевают 40см. У меня банки все маленькие, только в одной 40см. Проблем с мальками в ней не замечал на протяжении 5лет. Думаю, что и с 50см справятся.

возможно, что на поверхности воды была бактериальная плёнка, из-за неё мальки не смогли заглотить воздух... сочувствую.

Основной способ борьбы с пленкой - обеспечить нормальное движение поверхностного слоя воды. Направить струю из фильтра или расположить распылитель так, чтобы вода на поверхности не стояла, а двигалась, перемешивалась. Пусть и не сильно, но постоянно. Пленка образовывается только на стоячей воде.

Если гуппи пленку "пробивают" - то и пецилии не должна мешать. Насчет уровня - нет у большинства любителей таких аквариумов, чтобы мальки пецилии массово воздуха не могли набрать. Это не аквариумы, а колодцы надо...
Скорее всего - молодая самка, малек слабый, возможно - скинула раньше срока (это бывает по многим причинам - от условий и стрессов до болезни и наследственности).
Тут не обсуждение, а увлекательная "угадайка" будет. Без малейшего приближения к реальности.
Посмотрите лучше по следующим пометам.
От пленки помогает распылитель и разные улитки (физы, катушки, покемоны).