Если у вас фильтр заточен именно на биологию, то чистить его следует когда будет замечено "существенное" падение потока. Раза в 2-3 это ес-но перебор. Я бы остановился на цифре 1.5 где-нибудь.
При этом, наполнитель просто прополаскивается В СЛИТОЙ АКВАРУМНОЙ ВОДЕ, а фильтр и шланги уже моются-чистятся тщательно.